در آبان ماه سال 1346 با جلب نظر مسئولین دانشگاه تهران و تصویب آئین نامه های مربوطه اداره مرکز به جمعیت طرفداران مرکز طبی واگذار شد و جمعیت نیز مسئولیت آماده سازی و افتتاح مرکز را بر عهده گرفت. سه ماه پس از این واقعه یعنی در 28 اسفند ماه 1346 مصادف با عید سعید غدیر دو واحد درمانگاهی فیزیوتراپی و دندانپزشکی این مرکز نیز افتتاح شد و به دنبال آن در اردیبهشت سال 1347 درمانگاه بهداشت کودکان و در شهریور همان سال درمانگاه بیماری های کودکان و بخش یک بستری بیماران آماده گردید. سرانجام در پانزدهم آبان ماه سال 1347، سایر بخش های بیمارستان، آماده و بیمارستان رسماً افتتاح شد. در ابتدا بیمارستان با بخش های عفونی، کلیه، خون، غدد، جراحی، اورژانس و درمانگاه های تخصصی شروع به کار کرد، اما به تدریج با پیشرفت علم و تکمیل کادر علمی بیمارستان، بخش هایی همچون گوارش، ایمونولوژی و آلرژی، قلب، نوزادان، روماتولوژی، اعصاب، جراحی اعصاب، اورولوژی، اورتوپدی و سایر بخش های فوق تخصصی و پاراکلینیک به آن اضافه شد. امروز مرکز طبی کودکان با بیش از 350 تخت فعال در همه رشته های تخصصی و فوق تخصصی بیماری های کودکان به عنوان بیمارستان مرجع کودکان-قطب علمی طب کودکان کشور ارائه خدمت می کند.